PGPR与宿主植物之间的关系，是通过促进植物对营养物质的吸收来对宿主植物的生长起作用的。
根际细菌是指 PGPR 可能定殖在植物根系周围土壤中的某个区域，即根际。根据研究，植物在生长过程中能改变根系周围土壤的物理化学组成，这样不是所有的土壤微生物都可以定殖于这个特定的区域。植物根部产生的分泌物使根系周围土壤的pH值、水势、O2分压和其它物理化学性质发生了变化。
内生细菌是指能够定殖在植物细胞间隙或细胞内，并与寄主植物建立和谐联合关系的一类微生物。用作微生物肥料 PGPR 可以在植物的各个部分（种子、根、茎、叶、果实）分离获得。已经证实在植物的薄壁组织和木质部的导管处均发现植物内生细菌。
